污水消毒原水与饮用水之间的水质差异纯水处理设备生产厂家决定了污水消毒面临着更大的技术挑战，主要表现在以下几个方面：
（1）消毒剂耐性病原微生物的高效杀灭。污水中常含有耐一般消毒剂的病毒和原生动物，如隐孢子虫等。如何保证杀灭这些消毒剂耐性病原微生物，反渗透设备生产厂家是污水消毒面临的技术挑战之一。
（2）高悬浮物浓度条件下的高效消毒。消毒原水中的悬浮物在消毒过程中 将成为反渗透纯水处理设备生产厂家病原微生物的保护伞，大大削弱消毒的效果。如何保障高悬浮物浓度条件下的高效消毒，是污水消毒面临的又一技术挑战。 
（3）不同水质条件下消毒纯水处理设备生产厂家方式的优选和操作条件的优化。不同的污水处理厂和再生水厂的处理水水质存在很大差异，如何根据不同的水质条件和其他要求选择适宜的消毒方式还没有科学、合理的依据。另一方面，在确定消毒方式之后，如何优化消毒操作，保证在水质波动条件下的动态安全消毒是污水消毒面临的重要课题。反渗透设备生产厂家如何根据水质确定消毒强度（如消毒剂的添加量、消毒接触时间等）还缺乏系统、科学的依据和实践经验的支持。 
（4）消毒化学风险的控制。反渗透纯水处理设备生产厂家在消毒处理中，水中的部分污染物可能会发生“质”的变化（化学变化），这些“新”生成的污染物，即消毒副产物又会带来生态安全方面的负面效应。反渗透设备污水中的污染物种类和数量比饮用水中更多，污水消毒处理时消毒剂的投加量比饮用水消毒的剂量高，因此产生消毒副产物的复杂性也更大。如何处理好卫生学安全和生态安全的矛盾是消毒实践中面临的重大问题。污水消毒的生态安全问题是保障再生水水质安全的主要矛盾所在。
（5）适用于不同目的的消毒工艺的优选。再生水的利用目的不同，对生物学安全的要求也不同，如何根据不同的消毒原水水质和再生水的利用目的，选择高效、经济、安全的消毒工艺是污水消毒面临的重要课题。
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