(1)臭氧氧化副产物问题。纯水处理设备厂家采用臭氧氧化工艺，将产生一些臭氧氧化副产物，主要可分为两类：一类是溴酸盐和次溴酸盐，其中溴酸盐具有强致癌性，中国、美国、欧洲、日本和世界卫生组织等均将饮用水中溴酸盐控制标准定为10μg/L。纯水处理设备生产厂家2006年1月4日颁布、3月6日正式生效的美国新的《消毒剂/消毒副产物法》(D/DBPrule)规定溴酸盐的目标控制值是0μg/L。水处理设备生产厂家如果原水中含有一定浓度的溴离子，则有导致臭氧氧化后的水中产生溴酸盐的风险。此外，次溴酸盐是溴仿和溴化有机物的前驱物，而溴代消毒副产物也是饮用水标准严格限制的。另一类是臭氧氧化有机物后产生的小分子有机物，如醛类、脂肪酸、羧酸、酮类、AOC等，这些有机物有些具有较强的生物毒性，不过在经过生物活性炭处理后，由于活性炭的吸附作用和生物降解作用，水处理设备厂家可在一定程度上将这些有机物分解。
(2)生物安全性问题。纯水处理设备厂家臭氧生物活性炭工艺在活性炭上会生长出大量的微生物，这些微生物将对炭滤后的出水水质产生影响：①这些微生物会产生一些胞外分泌物，其中一些胞外分泌物可能具有一定的生物毒性；纯水处理设备生产厂家②这些微生物会穿透活性炭床进入到出水中去，而且由于这些微生物经过臭氧消毒工艺后存活下来，对消毒剂一般具有水处理设备生产厂家更强的耐受能力，不容易被杀灭；③进入到出水中的微生物往往被包裹在细微颗粒之中，因此很难接触到消毒剂。
这些都造成了后续消毒工艺的困难。水处理设备厂家此外在南方城市已经发现臭氧生物活性炭工艺出水中出现了较多的藻类，如剑水藻等，这些溺类一方面影响了水的感观指标，另一方面也可能出现一些有生物毒性的藻类或藻毒素。
(3)氧化藻类分泌藻毒素的问题。纯水处理设备厂家在原水藻类较多的情况下，臭氧能氧化藻类，使原来包裹在藻细胞内的胞内毒素释放出来，水处理设备厂家使水中藻毒素增加。因此，出于对饮用水水质安全的综合考虑，臭氧在饮用水净化中的应用已经在美国纯水处理设备生产厂家、欧洲、日本等发达国家受到了一定的限制，在中国的实际应用中还存在设备购买与维护、气源管理与安全等问题。